工藤新一，高中生侦探，在一次追查神秘黑衣人组织的过程中意外遭遇被击晕，后服用了神奇的药水，身体变成了小孩。为了解决这个困境，他找到阿笠博士，博士为他设计了多种间谍武器以帮助他适应新身份。为了避免黑衣人的追查，新一决定隐姓埋名，取名江户川柯南，并寄居在他的女友毛利兰的家中。 柯南的到来引起了兰和其父毛利小五郎的关注。小五郎是一名私家侦探，柯南巧妙地借助小五郎的身份，跟随他一起破案。在案件的过程中，柯南运用其高超的推理能力，解开了一个又一个的谜团，为警察及无辜者伸张正义。柯南与小兰的同学步美和元太、光彦组成了少年侦探团，展开一系列冒险。 随着案件的不断深入，柯南也逐渐接近黑衣人的真相，并寻找解药的线索。不过，凶险时刻接踵而至，柯南需要时刻保持警惕，暗中调查黑衣人组织的动向。在与伙伴们的努力下，柯南终于获得了关键证据，揭开一系列阴谋，指引警方成功抓捕了黑衣人的部分成员。 不过，真正的幕后黑手依旧隐藏在暗处，柯南明白，自己的战斗才刚刚开始，寻找解药的道路仍然漫长而充满挑战。尽管身处困境，柯南坚定信念，持续与伙伴们并肩作战，捍卫正义。